FragPipe是一个用于蛋白质组学质谱数据分析的集成工作流程工具，整合了MSFragger、Philosopher、PeptideProphet、iProphet等多种工具，支持肽段鉴定、蛋白质定量、翻译后修饰分析等功能，适用于大规模质谱数据的处理与分析。
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